פיתוח פרויקט השו"ת החל בשנת 1963 במכון וייצמן, אך במהלך השנים עבר לאוניברסיטת בר אילן. גירסתו הראשונה הושקה בשנת 1967.

בשלב הראשון הפרויקט התמקד בספרי שו"ת (שאלות ותשובות בהלכה). לעיתים קרובות נשאלו הרבנים ומורי ההוראה שאלות בהלכה ע"י יהודים שביקשו לדעת כיצד עליהם לנהוג במקרים שונים. התשובות לשאלות אלו לוקטו בספרים והופצו בקהל. כתוצאה מכך, קיים במאגר התורני של הפרויקט מידע הלכתי, היסטורי, חברתי וכלכלי המשקף כאלף שנות חיים יהודיים.

למעלה משלשה עשורים נמשכה הזנת הנתונים. בתחילה, פעלה תוכנת האיחזור פועלת כתוכנית אצווה על מחשבי מיינפריים (mainframe). משנת 1979 ואילך, ניתן היה להריץ את התוכנה ולהשתמש במאגר הנתונים גם על מחשבי מסוף בתוך אוניברסיטת בר-אילן וגם על מספר הולך וגדל של מסופים מחוץ לקמפוס האוניברסיטה. באותה עת היה זה הישג טכנולוגי מרשים במיוחד.

הפיתוח של הגירסה הראשונה של פרוייקט השו"ת על גבי תקליטור הושלם בשלהי שנת 1992, ומאז כמעט מידי שנה מופקות גירסאות נוספות ומתקדמות. הגירסה האחרונה, +24, משווקת כיום מחודש פברואר 2016. בכל גירסה נוספים טקסטים רבים למאגר כמו גם שיפורים בביצועי תוכנת איחזור המידע ובמימשק המשתמש שלה.

פרויקט השו"ת – גירסה +27 (2019)

נכון להיום, מכיל מאגר פרוייקט השו"ת למעלה מ-120,000 שאלות ותשובות, כמו גם ספרי הגות מכל תחומי היהדות, יחד עם מידע מקוצר על תולדות חייהם של מחבריהם ענקי הרוח, שבתורתם האירו את עיני העם במשך דורות. לפני הלומד והמעיין נפתח עולם מלא של אפשרויות להרחבת הלימוד והעמקתו. סך כל המילים במאגר עומד על למעלה מ-560 מיליון (!!!) מילים (פירוט מלא של תכולת המאגר). הוספת הקישורים בין מאגרי המידע השונים (600,000 במספר) מאפשרת דלית המידע המבוקש ביעילות רבה.